针对您店铺持有五年的情况，我们来看看相关法律依据如何规定卖房个人所得税。根据《中华人民共和国个人所得税法》（最新版）第三条规定：“个人所得税的税率：……（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。”您的店铺转让属于财产转让所得，因此适用20%的比例税率。由于店铺属于非住宅性质，即使持有满五年，也不满足“个人转让自用5年以上、并且是家庭唯一生活用房”这一免税条件（该免税政策通常针对住宅），所以不能享受免征个人所得税的优惠，应按上述20%税率或核定税率缴纳。
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在处理持有五年的店铺出售个人所得税问题时，存在一些特殊情况或例外情形会影响处理方式。1.店铺为继承或赠与所得：如果该店铺是通过继承或赠与获得的，其个人所得税的计算方式与通过正常购买获得的店铺有所不同。在继承情况下，继承人转让继承店铺时，以其转让受赠房屋的收入减除原捐赠人取得该房屋的实际购置成本以及赠与和转让过程中受赠人支付的相关税费后的余额，为受赠人的应纳税所得额，按20%税率缴纳个人所得税。这会影响房屋原值的确定，进而影响应纳税额的计算。2.地方政府有特殊税收优惠政策：虽然国家层面规定店铺等非住宅转让需缴纳个人所得税，但个别地方政府可能会在特定时期或针对特定区域出台一些税收优惠政策，例如对某些商业地产交易给予一定的个人所得税减免或返还。这种情况下，店铺出售的个人所得税缴纳金额会相应减少，需要卖家及时了解当地的最新政策。3.店铺存在抵押、查封等权利限制：如果店铺在出售时仍处于抵押状态或被司法查封，可能会影响交易的正常进行，进而影响个人所得税的缴纳时间和方式。例如，抵押的店铺需要先解押才能过户，这可能会导致交易周期延长，若在此期间税务政策发生变化，也会对个人所得税的缴纳产生影响。
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您问的是店铺持有五年，卖房个人所得税怎么交以及法律怎么规定的问题。店铺作为非住宅类房产，其个人所得税的缴纳与持有时间等因素相关。店铺持有五年，在出售时仍需缴纳个人所得税，因为店铺属于非住宅性质，不适用个人转让自用5年以上、并且是家庭唯一生活用房取得的所得免征个人所得税的政策。1.若能提供完整、准确的房屋原值凭证及合理费用凭证：个人所得税=（转让收入-房屋原值-转让住房过程中缴纳的税金-合理费用）×20%。这里的转让收入是指实际成交价格，房屋原值是指购买该店铺时支付的价款及相关税费，合理费用包括装修费、手续费、公证费等。2.若不能提供完整、准确的房屋原值凭证，不能正确计算房屋原值和应纳税额的：税务机关可根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条的规定，对其实行核定征税，即按纳税人住房转让收入的一定比例核定应纳个人所得税额。具体比例由省级地方税务局或者省级地方税务局授权的地市级地方税务局根据纳税人出售住房的所处区域、地理位置、建造时间、房屋类型、住房平均价格水平等因素，在住房转让收入1%-3%的幅度内确定。
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出售持有五年的店铺，在个人所得税缴纳环节，可能会面临一些法律风险点。1.证据链风险：缺少购房原始凭证导致无法准确计算应纳税额。例如，李先生出售其持有五年的店铺，但由于搬家等原因丢失了购房发票和契税完税证明，无法证明房屋原值。税务机关因此按店铺转让收入的2%进行核定征收，李先生认为按差额20%计算税负更低，但因无法提供凭证而无法更改计税方式，导致多缴了税款。2.经济损失风险：未及时缴纳个人所得税产生滞纳金和罚款。比如，张女士出售店铺后，认为反正持有五年了，不着急缴税，拖延了申报纳税时间。超过规定期限后，税务机关对其征收了滞纳金，并且由于逾期申报情节严重，还处以了一定数额的罚款，造成了不必要的经济损失。

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